Do přehrady teče příliš fosforu. Nejvíce ho pochází z obcí a měst
Řeka Jihlava přináší do Dalešické přehrady zbytečně mnoho nebezpečného fosforu a dusíku. Zatímco druhý ze zmíněných prvků pochází z převážné části od zemědělců, fosfor produkují ze 70 procent obce a města.